Dentro de la misma, existía una provincia indígena llamada por los habitantes originarios como Tucma o Tucumán.

[3]​ Núñez de Prado fue tomado prisionero y enviado a Chile.

Santiago del Estero fue la única ciudad que quedó en pie.

En esta última fecha también se le concedió un escudo de armas, que consistía en un castillo, tres veneras y un río.

[4]​ Hacia fines del siglo XVI, partieron desde Santiago del Estero numerosas expediciones de auxilio militar a la ciudad de Buenos Aires; inclusive se enviaron familias enteras para reforzar su población.

Con estas decisiones, la ciudad fue perdiendo importancia, encontrándose durante todo el siglo XVIII sin las instituciones civiles y religiosas que le dieron prestigio durante su primer siglo de existencia.

[3]​ Debido a las reformas borbónicas impulsadas por el rey Carlos III de España, se llevó a cabo la reorganización de la administración en las colonias americanas del Imperio Español.

El Cabildo de Santiago del Estero, como no tenía facultades para obrar por sí mismo, debió esperar que desde Salta se le hiciera conocer cuál sería su resolución, como superior jerárquico que era.

Contemplaba que cada pueblo tendría un “gobernador intendente” y cada uno (entre ellos Santiago del Estero), debía enviar un diputado al Congreso provincial.

Esta república duró lo que el gobierno de Aráoz, quien fue derrocado en agosto de 1821 por el coronel Abraham González, desapareciendo la república, su presidencia y su constitución.

Informado de esa situación, Aráoz envió a Santiago del Estero al jurista Juan Bautista Paz, quien fue acompañado de una fuerza militar comandada por Juan Francisco Echauri.

Con esta decisión, el gobernador tucumano buscaba asegurar la elección de los representantes por Santiago del Estero al Congreso Constituyente que debía organizar interinamente la República de Tucumán.

Este jefe militar removió a todos los miembros del Cabildo santiagueño, poniendo en su lugar a personas adictas al gobierno de Tucumán.

Además, hubo un conflicto en la elección de los congresales santiagueños, ya que algunos electores fueron impugnados.

Todo esto motivó una rebelión; los partidarios de la autonomía convocaron en su auxilio a Juan Felipe Ibarra, quien con sus tropas del Fuerte de Abipones se dirigió a Santiago del Estero.

Aráoz intentó recuperar Santiago del Estero, pero en 1821 fue derrotado por Ibarra y Tucumán firmó el Tratado de Vinará, reconociendo la autonomía santiagueña.