Posteriormente se enemistó con el gobernador Hernando de Lerma por no haber cumplido una orden suya, consistente en aprehender a fray Francisco Vázquez, administrador del obispado, y a Francisco de Solís.

Lerma lo hizo arrestar y lo tuvo engrillado junto a los capitanes Santos Blázquez, Juan Rodríguez Juárez y Pedro de Villarreal.

Debido a su persecución tuvo que huir al Perú.

Cuando Lerma fue destituido y apresado, Cepeda regresó a Santiago del Estero en 1583.

En el año 1589 volvió a ser designado en el cargo de gobernador interino del Tucumán, puesto que ocupó hasta 1596, y tiempo después fallecería en alguna parte del Imperio español.