[3]​ En 1579 el Licenciado Hernando de Lerma escribió a Su Majestad, informándole que su viaje a América en galeón duró diez meses, que había llegado a Lima hace ocho días, y que aún le faltaban 500 leguas de camino por tierra para llegar al Tucumán.

[4]​ Durante su gestión fundó la ciudad de Salta en 1582, tuvo altercados con el obispo y persiguió a sus opositores.

Esto lo llevó a ser destituido, enjuiciado y encarcelado en Madrid, donde finalmente falleció en 1592.

Este grupo de avanzada ingresó a la sede del gobierno y aprehendió a Abreu, que se encontraba acompañado en ese momento por el teniente Pedro Sotelo y por el alcalde Francisco Rodríguez Juárez.

El nuevo gobernador convocó al Cabildo y se hizo reconocer.

[5]​ Lerma había apresado a Abreu y lo hizo encerrar en la caballeriza de Juan Pérez Moreno, custodiado permanentemente por hombres armados.

Algunos de ellos, como Morillo, Mosquera, Ramírez y Villalta, fueron ejecutados en la horca en la plaza pública en 1580.

Un clima de violencia se instaló en la ciudad debido a las arbitrariedades del nuevo gobernador.

Esta fue la primera protesta armada que se produjo en contra de la dominación española en el actual territorio argentino.

Pero como este acababa de ser sustituido y encarcelado por Lerma, dichos revolucionarios quedaron sin pretección alguna, fueron prendidos por la autoridad española, procesados sumariamente y condenados a morir en la horca.

Lerma impidió a los mercedarios la posesión de unos aborígenes yanaconas con sus ganados y sementeras.

Por ese motivo la gobernación se fue quedando sin clérigos, llegando a tan solo dos en 1583.

El virrey Francisco de Toledo había ordenado al gobernador Lerma que fundara una ciudad al norte de Santiago del Estero, que asegurara las comunicaciones en la Gobernación del Tucumán.

Haciendo pie en ese valle, Lerma aprovechó las vías de comunicación insinuadas por la naturaleza y seguidas por los primitivos habitantes aborígenes, para así fortalecer los dispersos, débiles y escasos núcleos de la población española.

Fue entonces que llegó a Charcas el nuevo gobernador, Juan Ramírez de Velasco, con sus títulos para asumir y a la vez, iniciarle el juicio de residencia que las leyes imponían hacerle al funcionario saliente.

Mientras tanto, la Real Audiencia designó como gobernador interino del Tucumán a Alonso de Cepeda.

[12]​ La causa instaurada contra Lerma fue sucesivamente ventilada en Charcas, Santiago del Estero, para terminar ante el Consejo de Indias, en Madrid.

Lerma apeló ante el Consejo de Indias mientras era embarcado para España y nunca supo la sentencia definitiva pues murió encarcelado en Madrid, en 1592.

[13]​ Falleció en la cárcel paupérrimamente sin tener con qué se le diese una misa.

[14]​ Cayetano Bruno califica a Lerma "de mal sujeto y pésimo gobernante".

[15]​ Alonso de Tula Cervín dijo que Lerma era "vengativo, cruel, inhumano, sin caridad, sin piedad y el hombre más endiablado que se ha visto en el mundo jamás".

Tal vez fue un marrano, o judío converso, y trató de proteger a otros como él en suelo americano.

Su conocimiento de leyes lo hizo un adversario temible, por lo que la Iglesia se confabuló en su contra creando versiones terribles sobre su persona.