También cruzó con su tío las Sierras Nevadas y capturaron a Juan Núñez de Prado, quien se desempeñaba como capitán general de la provincia del Tucumán, Juríes y Diaguitas.
Desde allí regresó en 1556, trayendo a un fraile franciscano, armas y bastimentos para Santiago del Estero, cuyos habitantes pasaban en esos momentos serias penurias y estuvieron a punto de abandonar la ciudad por ese motivo y por los ataques de los aborígenes.
Al asumir Juan Gregorio Bazán como teniente de gobernador general, lo designó su lugarteniente.
Cuando llegó la noticia a la ciudad de Santiago del Estero, el Cabildo dispuso levantar una probanza al objeto de justificar lo actuado y pedir que Núñez no reasumiera la gobernación.
El Cabildo de Santiago del Estero, siguiendo la independencia que caracterizaba a los cabildos españoles, se negó a reconocer al gobernador revolucionario Luis Gómez y Salazar, ya que no podía exhibir título alguno expedido por Núñez de Prado para que lo representara.