No obstante, la actividad de Takamori en Edo tuvo un final abrupto con la Purga Ansei, realizada por el tairō Ii Naosuke, quien persiguió a quienes tenía ideas contrarias al shogunato; y sumado a ello con la muerte repentina de Shimazu Nariakira; con este suceso, Saigō intentó cometer el suicidio por ahogamiento.
Finalmente, en 1864, Hisamitsu lo perdonó y lo envió a Kioto como asistente del feudo ante la Corte Imperial.
Cuando el shogunato envió una segunda expedición militar contra Chōshū, el feudo de Satsuma permaneció neutral.
Takamori tuvo un papel importante en el nuevo gobierno Meiji, a pesar de que otros políticos como Ōkubo Toshimichi fueron más activos e influyentes en ese período.
[6] Dada la negativa, Takamori se sintió frustrado, renunció al gobierno en señal de protesta y decidió regresar a Kagoshima.
Takamori, quien inicialmente no deseaba que el conflicto empeorara, debió finalmente aceptar el liderazgo de los rebeldes contra el gobierno central, conocido como la Rebelión Satsuma.
En la batalla de Shiroyama, Takamori quedó gravemente herido, y al no querer ser capturado o muerto por el enemigo, pidió a un compañero que lo decapitara, para preservar su honor como samurái.
También se le erigió otra estatua, vestido con uniforme militar, en el Parque Chūō de Kagoshima.
La historia de Saigō Takamori ha sido relatada en diversas obras literarias contemporáneas japonesas.
[7] Una de las canciones que el grupo sueco de power metal Sabaton publicó en su disco The Last Stand, y que lleva por título «Shiroyama», narra los sucesos marcados en dicha batalla liderada por Saigō Takamori.