Paolo persuade a Pietro para apoyar la candidatura del corsario Simón Boccanegra como duque de Génova.
Boccanegra acepta la postulación, creyendo que con esto, Fiesco lo dejará casarse con su hija María (a quien ama profundamente y con quien ha tenido una hija), quien es prisionera de su propio padre en el castillo, porque Fiesco, de familia aristocrática, quiere prevenir esa unión con un plebeyo.
Boccanegra, que ignora la muerte de María, se acerca a Fiesco a rogarle -una vez más- que lo deje estar con ella y le perdone haber quebrantado su esencia virginal al tener una hija.
El duque ha desterrado a la mayoría de sus enemigos políticos y ha expropiado sus bienes.
La llamaron Amelia Grimaldi, esperando que se convirtiera en la heredera de la fortuna familiar, pues el duque había desterrado a sus hijos.
Fiesco acepta la unión, confesando que Amelia fue adoptada por los Grimaldi y no tiene herencia alguna.
Gabriele Adorno la quiere de todas formas, y Fiesco los bendice.
Boccanegra conoce a Amelia y pide su mano en nombre de Paolo.
Al fin reunidos, celebran felices este hecho; pero deciden guardarlo en secreto.
Ordena que se abran las puertas, y la aparición de Boccanegra transforma las protestas del pueblo en aclamaciones.
Amelia entra y se encuentra con Adorno, quien la acusa de infidelidad.
Ella clama amar sólo a Adorno, pero no le explica que Boccanegra es su padre.
Adorno sale y trata de matar al duque, pero Amelia lo detiene.
Este siente remordimiento y le cuenta a Boccanegra sobre el veneno.
Simón Boccanegra, el auténtico primer duque de Génova, no fue un corsario ni hombre de mar, pero su hermano, Egidio Boccanegra, sí lo fue (el dramaturgo español Antonio García Gutiérrez funde ambas figuras históricas en un solo personaje ficticio).
Volvió al poder en 1356 y ocupó el cargo de Dogo hasta 1364 cuando, según las fuentes, fue envenenado.