[9] Ya en el siglo XXI, en 2005 el municipio se vio severamente afectado por la tormenta Stan.En el caso del topónimo «Santa Clara La Laguna», este se deriva de Santa Clara de Asís, venerada por los frailes franciscanos y del hecho de que el poblado está geográficamente próximo al Lago de Atitlán,[4] y al igual que los otros municipios que tienen el mismo nombre, a partir de 1643, se llama sí debido a que el visitador Antonio Lara habría ordenado que todos los apellidos indígenas y los lugares geográficos fueran castellanizados.[2][12] El municipio cuenta con pocos centros poblados, de los cuales el más importante es su cabecera municipal; aparte de la aldea cuenta con el caserío Chacap, con los cantones Xiprian y Chitun y con la aldea Paquip.[13] El topónimo «Paquip», proviene del nombre de una planta ornamental y medicinal, que se llama quip que existe en la aldea, principalmente en la montaña de Chirijajau.Aunque se trata de entidades autónomas, se encuentran sujetos a la legislación nacional y las principales leyes que los rigen desde 1985 son: El gobierno de los municipios está a cargo de un Concejo Municipal[1] mientras que el código municipal —ley ordinaria que contiene disposiciones que se aplican a todos los municipios— establece que «el concejo municipal es el órgano colegiado superior de deliberación y de decisión de los asuntos municipales […] y tiene su sede en la circunscripción de la cabecera municipal»; el artículo 33 del mencionado código establece que «[le] corresponde con exclusividad al concejo municipal el ejercicio del gobierno del municipio».Dichos terrenos son los conocidos con los nombres de Sanchicoc, Conópiac, Sanchitijón, Cabalsuluc, Jacanahualá, Chatilpanac y Chuyabaj; el tribunal que conoció del caso resolvió repartir los terrenos por mitad entre los dos pueblos, para terminar con el problema.[cita requerida] El poblado perteneció al corregimiento de Tecpán Atitlán en la época colonial ingresándose en el año 1730.[20] En 1818, el arzobispo Ramón Casaus y Torres creó la parroquia de Santa Clara La Laguna, con Santa María Visitación y San Pablo La Laguna como anexos.[26] Carrera impuso un régimen duro y hostil para los liberales altenses, pero bondadoso para los indígenas de la región —derogando el impuesto personal que les habían impuesto las autoridades altenses— y para los eclesiásticos restituyendo los privilegios de la religión católica.[29] Las lluvias continuas pusieron al descubierto el desastre medioambiental de Guatemala: las deforestadas montañas no soportaron los bolsones agua y humedad que en esos días se formaron provocando derrumbes y deslaves.El lago, que normalmente recibe las aguas negras de doce cabeceras municipales, fue inundado con un gran volumen de desechos que flotaron durante varios días.
