En este caso, el municipio está nombrado por «San José» en honor a San José y «Chacayá» que es un vocablo que proviene de las palabras del k'akch'ikel «ch-ka» (español: «caída») y «ya» (español: «agua»), y quiere decir «caída de agua».

[8]​ El concejo municipal se integra con el alcalde, los síndicos y concejales, electos directamente por sufragio universal y secreto para un período de cuatro años, pudiendo ser reelectos.

[1]​[8]​ Existen también las Alcaldías Auxiliares, los Comités Comunitarios de Desarrollo (COCODE), el Comité Municipal del Desarrollo (COMUDE), las asociaciones culturales y las comisiones de trabajo.

Los alcaldes auxiliares son elegidos por las comunidades de acuerdo a sus principios, valores, procedimientos y tradiciones, estos se reúnen con el alcalde municipal el primer domingo de cada mes.

Los alcaldes que ha habido en el municipio son: Según los pocos documentos guardados en la municipalidad del municipio se sabe que San José Chacayá fue fundado en la época prehispánica,[11]​ mucho antes de la llegada de los españoles, aunque se desconoce la fecha exacta.