Durante sus estudios teológicos descubrió su vocación franciscana e ingresó en dicha orden en 1585.El pleito sobre la identidad y lugar de origen del mártir se ha prolongado durante siglos, no siendo un asunto baladí, dado el prestigio que suponía en otras épocas ser la localidad natal de un santo.Estando en este puesto llegó una circular que reclutaba misioneros para las Islas Filipinas.En enero de 1593 una flota al mando del general Marcos Aramburu partió desde Cádiz con rumbo a México.Martín, junto con su discípulo fray Francisco Blanco partieron hacia Japón a comienzos de 1596 embarcados en un navío portugués.De Kioto pasó a Osaka donde fue nombrado presidente del convento allí existente.Sin embargo el shogunato no tardó en ver con desconfianza la presencia de los católicos en Japón, temiendo que la evangelización cristiana no fuera más que la primera etapa de una expansión colonial europea en las islas.El gobierno fue considerando cada vez más al catolicismo como una amenaza, y comenzó a haber persecuciones contra los cristianos que se alternaban con periodos de tolerancia.Un hecho accidental, la llegada del extraviado galeón San Felipe a las costas japonesas puso al shogunato en alerta y rompió la paz existente.Se propagó el rumor de que era un barco corsario y de que los franciscanos llegados al Japón en los últimos tiempos y los cristianos japoneses eran una quinta columna para facilitar una invasión española.Finalmente, el shōgun Toyotomi Hideyoshi condenó a muerte a veintiséis cristianos – cuatro misioneros franciscanos europeos (entre ellos Martín de la Ascensión), un misionero franciscano novohispano (San Felipe de Jesús), un misionero franciscano indio (San Gonzalo García), tres jesuitas japoneses y diecisiete laicos japoneses, incluidos tres niños - los cuales salieron de Kioto escoltados por soldados y fueron ejecutados en la colina Nishizaka, en las afueras de Nagasaki.Por fin se restauró el orden y Terazawa Hanzaburo (amigo de san Pablo Miki, hermano del Gobernador de Nagasaki y que crucificó a los 26 mártires) colocó centinelas con severas órdenes para que nadie se acercase y, dando por terminada su misión, se retiró.Luego la colina comienza a cobrar vida sombras silenciosas que van recorriendo las cruces, rumor de oraciones.En los días siguientes Terazawa hizo cercar el lugar con cañas de bambú y reforzó la guardia.De día los cristianos simulaban negocios que los obligaban a pasar por el camino de la colina, y se detenían en él hasta que los centinelas los forzaban a seguir.La Iglesia católica en Japón permaneció sin clero y la enseñanza teológica se desintegró hasta la llegada de los misioneros en el siglo XIX.
