Como cabeza de la Orden en California, Serra no solamente lidió con cargos religiosos, sino también con otras autoridades españolas en Ciudad de México y con los oficiales militares locales que mandaban las guarniciones cercanas.[4] Junto a su amigo, el padre Francisco Palou, embarcó el 13 de abril de 1749 rumbo a Málaga y después a Cádiz, sin embargo las demoras logísticas y burocráticas les hicieron esperar 8 meses antes del viaje.Mientras sus acompañantes seguían su camino hacia Ciudad de México en carruajes, fray Junípero y un religioso andaluz decidieron hacer el camino a pie, con un recorrido de 500 kilómetros.En seis meses recibió la aprobación del virrey para iniciar una misión en Sierra Gorda, un territorio montañoso donde ya habían fracasado algunos franciscanos.[4] En las misiones, Serra también educó a los amerindios en diversas áreas del saber y levantó iglesias.Sin embargo, la muerte del virrey detuvo la salida del grupo misionero hacia aquellas tierras, por lo que el fraile tuvo que esperar en la Ciudad de México por espacio de varios años antes de recibir su siguiente destino misional.[9] Aunque España había tomado posesión de la costa del Pacífico, que era parte del Imperio, las posesiones francesas de la Luisiana y las colonias inglesas en América podían suponer una amenaza para la hegemonía española.[3] Sufrió fatigas que le dejaron postrado en Guadalajara y Querétaro pero finalmente en 1773 llega al Colegio de San Fernando.[10] Pedía que la responsabilidad sobre el gobierno de esos indios bautizados recayera en los misioneros.Pedirá la destitución de Pedro Fages como gobernador y su reemplazo por el sargento José Francisco Ortega, aunque a causa del bajo rango de Francisco no se optará por él, Pedro Fages fue sustituido por Fernando Rivera y Moncada, que no llegará hasta 1774, y Francisco Ortega será ascendido a teniente y nombrado alcaide del presidio de San Diego de 1773 a 1781.El 22 llegó a la misión de San Gabriel el capitán Juan Bautista de Anza con una partida, inaugurando así una ruta terrestre entre Sonora y California, que había sido recomendada por Serra al Virrey.Fernando de Rivera y Moncada, nombrado recientemente Gobernador, se presentó en Monterrey (villa española que era la capital en esa época de la Alta California y cuyo nombre completo era San Carlos del Monte Rey) el 23 del citado mes.[12] Todas las misiones que los españoles iban fundando estaban unidas por una ruta conocida como Camino Real.Cuando llegaban a un lugar conveniente, levantaban una capilla, unas cabañas para residencia de los frailes y un pequeño fuerte protector contra posibles ataques.Acogían a los indígenas que se aproximaban movidos por la curiosidad y, una vez ganada su confianza, les invitaban a establecerse en las proximidades de la misión.El cambio de vida afectó asimismo a la cultura y religión indígenas dando lugar a un sincretismo que perdura hasta nuestros días.Asimismo, a él se le debe la denominación científica de las coníferas arbustivas o juníperos, popularmente conocidos como enebros debido a la gran cantidad de subespecies descubiertas durante su participación en la exploración y conquista del territorio de California.Incluso así, el padre Serra fue conmemorado en una biografía de la serie Vidas mexicanas (Cf.Aparte de dejar un importante legado que disfruta hoy el desarrollo económico estadounidense.[23] Sin embargo, el anuncio de esta canonización molestó a algunas asociaciones que pretenden representar a los nativos de California, que llegaron a acusar al misionero de haber traído consigo enfermedades y torturas entre otros hechos.Fue mediante una «canonización equivalente», es decir, sin la necesidad de aprobar un milagro y debido a la probada veneración popular.También se lo incluye entre los santos de Estados Unidos y México.[29] Respecto a las ofensas que está recibiendo la memoria de este insigne personaje, la profesora Elvira Roca Barea escribe:
Fray Junípero Serra. Escultura en el Salón Nacional de las Estatuas de Estados Unidos.