[2]​ Por otro lado, en ese año Portolá delegó su cargo al teniente Pedro Fages.

Durante este lapso, Serra pidió al Virrey de México la destitución del teniente Fages, cuya personalidad había sido muy contraria al amigable Portolá.

Para 1793, la dirección fue encargada al padre Fermín Lasuen, y desde entonces San Carlos comenzó a prosperar.

Lasuen murió en 1803 y sus restos también fueron enterrados junto a los del padre Serra.

Para 1861, siendo California parte de Estados Unidos, el presidente Abraham Lincoln retornó las misiones californianas a la Iglesia Católica, entre ellas San Carlos, y para 1961 el Papa Juan XXIII la consagró como Basílica Menor.