Fue promovido a coronel en 1789, y dimitió del cargo de gobernador en 1791.
Aproximadamente la mitad de los edificios del presidio quedaron reducidos a cenizas.
En la misión de Monterrey habían sido abastecidos con suficientes provisiones y materiales para un año.
Además de los cuatro misioneros, estaban allí Fages y sus 19 soldados.
Fages comenzó su tarea inspeccionando la fuerza del presidio de San Diego.