En 1599,[1]​ por órdenes del rey Felipe III, se realiza una expedición a la costa de la alta California.

Cuando regresaron de la expedición fue tan atractiva para el virrey, que hasta estuvo dispuesto a colonizarlo.

La expedición colonizadora no se realizó porque el nuevo virrey Juan de Mendoza y Luna, suspendió el proyecto.

Por su parte, el capitán fincó un fuerte, conforme a la ordenanza militar, para proteger la nueva misión.

Para 1793, la dirección fue encargada al padre Fermín Lasuen, y desde entonces San Carlos comenzó a prosperar.