La bahía colinda con las ciudades de San Diego, National City, Chula Vista, Imperial Beach y Coronado.
General Dynamics' National Steel and Shipbuilding Company (NASSCO), el único arsenal de la costa oeste capaz de construir y reparar grandes buques, está cerca del lado de San Diego del Puente del Coronado.
Varios museos marítimos tienen su sede en la bahía de San Diego.
El Puerto de San Diego administra el puerto y las tierras adyacentes a la bahía.Se trata de una entidad gubernamental especial creada por la legislación estatal en 1962.
Los ingresos de la bahía este consisten en tarifas y alquileres pagados por los inquilinos.