Está dividida en dos unidades fisiográficas: la porción occidental que presenta las mayores altitudes y al mismo tiempo las más bajas.
[2] En la parte superior, en la porción oriental presenta lomeríos y planicies de origen calcáreo.
Algunas plantas endémicas del occidente de México presentes en Manantlán son: el agave (Agave colimana), el madroño (Arbutus occidentalis) y el llorasangre (Croton wilburi); una especie de maíz primitivo (Zea diploperennis), conocido localmente como milpilla o chapule, que por sus características únicas constituye una promesa para la alimentación del futuro.
Se encuentran algunos géneros considerados como pancrónicos, entre ellos: Podocarpus, Zamia, Cyathea, Talauma y Magnolia.
Entre éstas sobresalen: maple (Acer skutchii), tilia (Tilia mexicana), cucharo (Symplocos sousae), Mammillaria beneckei, álamo (Populus guzmanantlensis), milpilla (Zea diploperennis) y las orquídeas Epidendrum parkinsoniaum y Brassavola cucullata.