Dio un pequeño paréntesis a su trabajo al intentar fortuna (como tantos otros), en California durante la fiebre del oro.Sin embargo, esto duró hasta que fue requerido por las autoridades durante la guerra contra España, siendo enviado a Bolivia en 1865 con el título de agente confidencial.Poco tiempo más tarde se produjo la caída del ministerio Varas-Santa María, siendo Sotomayor designado entonces ministro plenipotenciario de defensa, este cargo le daba la máxima autoridad civil en la conducción de las operaciones militares.Demostró una gran capacidad de organización en el esfuerzo bélico, su labor, energía y voluntad férrea como ministro fue enorme, por otro lado se ganó el respeto del Ejército (los castrenses en general sentían desprecio por los civiles).Demostró ser un gran organizador al crear prácticamente desde cero los desembarcos, la logística y la expediciones por el desierto, lo que incluía la preocupación por el agua, el alimento, el forraje, las comunicaciones, la distancias geográficas, etc., analizándolo todo desde el terreno.Sotomayor accedió a seguir en su cargo, pero su ánimo y energías comenzaron un lento declive.Su muerte fue muy sentida tanto por sus enconados adversarios políticos como la opinión pública y se le rindieron honores de Estado en su funeral.
