Miembro desde 1860 de las tropas asentadas en la Araucanía, en 1869 se retiró del Ejército, debido a problemas relacionados con los partidos políticos (él apoyo a Montt durante las revoluciones y ahora eran sus enemigos los instalados en el gobierno).

[2]​ En 1876 fundó la Logia Masónica Tolerancia 12 de Chillán,[2]​ junto a diez personalidades locales más.

[3]​ Al estallar la guerra, se le nombró comandante del regimiento de Santiago.

Pidió Lagos dejar su papel pasivo y hacerse cargo de la situación a Manuel Baquedano, quien le dio el permiso.

Así apareció Lagos dirigiendo la división Amunátegui, atacando los flancos izquierdo y centro de los peruanos, que para esos momentos se encontraban debilitados.

Su cuerpo fue trasladado a Santiago, siendo enterrado en el Cementerio General de dicha ciudad.