Por este motivo, y por las escasas precipitaciones que ocurren en el extenso territorio que recorre, sus máximos caudales se dan a fines de primavera e inicios de verano.Sus únicos afluentes por la margen izquierda son solamente uadis (riachos estacionales), ubicados todos ellos en la provincia de La Rioja.Entre ellos se pueden contar los "ríos" (en realidad uadis) Aicuña, Talampaya e Ischigualasto, cuyos valles son importantes centros paleontológicos y paisajísticos.En el año 1941, Mendoza, producto de un convenio con la Nación, construye el Embalse El Nihuil, el cual frena los escurrimientos del río aguas abajo hacia la cuenca Desaguadero-Salado-Chadileuvú en el entonces “Territorio Nacional de La Pampa” (una provincia desde el año 1951), dando como resultado, en poco tiempo, que la zona conocida como Bañados del Atuel, pasase a ser un desierto, produciendo un éxodo poblacional y un profundo cambio del ecosistema natural.Las principales ciudades y localidades por las cuales pasa este río son de norte a sur:
Imagen aérea del río Desaguadero, en el límite entre las provincias de San Luis y San Juan (zona de las
lagunas de Guanacache
).
