Al poco se une a su confluente el arroyo Salado, en la localidad de "La Junta".

El río atraviesa distintos ambientes geográficos desde su nacimiento, hasta la llanura desértica en su tramo final en donde dividido en varios brazos penetra en los bañados del Atuel, un importante humedal.

El Atuel es el quinto afluente importante del Desaguadero, tras los ríos San Juan, Mendoza, Tunuyán y el Diamante.

El río Atuel en su tramo superior tiene el dique nivelador Rincón del Indio, canal marginal.

Mendoza empezó con los aprovechamientos hacia 1917 sobre el brazo principal del río Atuel, cuando lo redirigió, sin considerar los intereses de aguas abajo.