Su principal afluente es el río Nacimiento en su porción superior, que nace en el Cerro La Bolsa y corre hacia el este.

Rodea por el norte y el este a esa localidad —donde se lo llama indistintamente río Guandacol o Nacimiento— para virar nuevamente hacia el sur y dividirse en numerosos brazos, que van confluyendo con el río La Troya.

Sus varios brazos cruzan la ruta nacional 40 antes de confluir en un río único.

Tras recibir su último afluente, el río Los Piojos, que marca el límite con la provincia de San Juan, la confluencia definitiva se produce poco al sur del límite interprovincial.

Las aguas del río son aprovechadas para el cultivo de vid, el olivo y alfalfa,[3]​ pero un aprovechamiento más eficiente requeriría de importantes obras de regulación, que sólo han sido llevada adelante a un nivel mínimo.