Los compromisos de Ruy motivaron su presencia en Inglaterra y el matrimonio no se celebró hasta aproximadamente 1557.
Entorpeció las obras porque quería que se construyesen según sus dictados, lo que provocó numerosos conflictos con monjas, frailes, y sobre todo con Teresa de Jesús, fundadora de la orden.
Le fue concedido a regañadientes por Teresa de Jesús y se la ubicó en una celda austera.
Ante esto, por mandato de Teresa, todas las monjas abandonaron Pastrana y dejaron sola a Ana.
Antonio Pérez, temeroso de que revelase el secreto, le denunció ante el rey de graves manejos políticos y Escobedo apareció muerto a estocadas,[6] de lo que la opinión pública acusó a Pérez; pero pasó un año hasta que el rey dispuso su detención.
Es muy conocido en dicho palacio el balcón enrejado que da a la plaza de la Hora, llamada así porque era donde se permitía a la princesa melancólica asomarse una hora al día.
Tras la fuga de Antonio Pérez a Aragón en 1590, Felipe II mandó poner rejas en puertas y ventanas del Palacio Ducal.
Felipe II se referiría a ella como «la hembra» o «la marrana».
[11] Ana y Ruy están enterrados juntos en la Colegiata de Pastrana.