Se desarrollaron áreas urbanas centrales complejas, como aldeas y pueblos, que se expandieron en la cuenca del Poopó durante el período Formativo Tardío (200 a. C. – 200 d. C.), probablemente en conjunto con cambios en los patrones de agricultura.
En las laderas de los cerros con suelos rocosos destacan la Parastrephia quadrangularis y diferentes especies del género Baccharis.
Es común encontrar cactáceas del género Trichocereus, que alcanzan alturas de hasta 5 m, y Opuntia, con crecimiento en cojín.
También abundan los pajonales con dominancia de Stipa ichu y Festuca orthophylla.
El agua está cubierta en un 68% de macrófitas, como las charáceas (Chara poopensis), rubiáceas (Ruppia sp.)
El lago Poopó representa un importante hábitat para aves andinas y limnícolas del Neártico, que en conjunto suman más de 30 especies.
Entre las aves residentes se encuentran las tres especies de flamencos Phoenicopterus chilensis (NT), Phoenicoparrus andinus (VU) y Phoenicopterus jamesi (NT), el ganso andino o colla (Chloephaga melanoptera), varias especies de patos (Anas flavirostris, Anas georgica, Anas puna, Anas specularioides, Oxyura jamaicensis), Gallinula chloropus, Fulica ardesiaca, Charadrius alticola y la gaviota andina Larus serranus.
El brazo derecho del río Desaguadero, actualmente está colmatado de sedimentos y solo funciona de manera precaria, el lago solo recibe de manera regular las aguas saladas y contaminadas que previamente renovaron el lago Uru Uru.
[5] En los años 1987-90, como consecuencia de las grandes crecidas en el río Desaguadero, la producción pesquera del lago Poopó se incrementó (llegando a alrededor de 3000 t/año) y se contaron hasta 500 pescadores.
En el Desaguadero, en la Joya (antes del Poopó), se disponen en media tan solo 39 m³/s (agua regulada o regulable) (entre 29 m³/s y 55 m³/s), de los cuales 10 m³/s provendrían del lago Titicaca (si los recursos se dividieran en partes iguales entre los dos países), y 29 m³/s (entre 19 m³/s y 45 m³/s), provenientes de sus afluentes, si no se tuviera en cuenta los posibles aprovechamientos a lo largo del río: es decir que la supervivencia del lago Poopó depende casi exclusivamente de aguas no reguladas o de derivaciones de otras cuencas (Ej.
Los efectos ambientales se traducen en bajas de la producción y productividad agropecuaria.
Un estudio sobre la degradación ambiental de los recursos pesqueros del lago Poopó, realizado por Víctor Zabaleta y Michael Bremer, hace conocer que la presencia de metales, como plomo, cobre, plata, cadmio, cobalto, níquel, cromo, estaño, hierro, manganeso, antimonio y zinc, se dan de forma excepcionalmente alta, citando, como ejemplo, que el plomo está 300 veces más alto en el lago Poopó que en el promedio de los lagos mundiales.