Después de ser capturado, fue enjuiciado y condenado a muerte, siendo fusilado en Castro.
Pedro Ñancúpel fue absuelto por haberse comprobado que cuando ocurrieron los crímenes se encontraba en otros sitios.
La detención ocurrió mientras se emborrachaba celebrando el éxito que había tenido en uno de sus ataques.
El día de la ejecución, fijada para las 8 de la mañana, cuatro sacerdotes franciscanos le ofrecieron apoyo espiritual y sus últimas palabras fueron para proclamar su inocencia, perdonar a sus adversarios y pedir perdón por las ofensas que él pudiera haber causado.
Su muerte se aplazó por unas horas porque en una de las calles que flanquean la plaza había un parto y se consideró que sería un mal augurio ajusticiar a Ñancúpel justo antes del nacimiento del niño.
No hubo autorización para que su cadáver recibiera sepultura según el rito cristiano, sino que fue retirado por su esposa al día siguiente, quien lo condujo en una carreta descubierta y lo enterró en el cementerio parroquial de Castro.
Con el correr del tiempo, su leyenda creció y se le agregaron detalles más o menos verosímiles.
Con los años se fueron publicando una serie de obras artísticas y novelas, entre las que se cuentan: Para fines de 2007 se esperaba el estreno de la película chilena Pedro Ñancúpel, el pirata del fin del mundo, dirigida por Ricardo Carrasco y protagonizada por Néstor Cantillana como Ñancúpel y Francisco Melo como Ciriaco Álvarez.
[nota 2] Esta película reavivó la polémica, pues en ella se presenta a este hombre como un huilliche justiciero que lucha contra la opresión de los poderosos.