Es un espacio rectangular con pórtico, de aproximadamente ocho metros de lado, con dos robustas columnas sobre las que se apoyan siete arcos que dividen el espacio en tres naves.
El ciclo pictórico que adorna sus muros está considerado una de las cumbres del Románico español.
—San Juan Bautista cambió su nombre por el de San Isidoro cuando los restos del santo sevillano fueron trasladados al monasterio en el año 1063 a petición de Fernando I, quien deseaba que las reliquias del ilustre y sabio arzobispo sevillano reposasen en la ciudad de León.
Las personas reales inhumadas aquí fueron: A lo largo de los muros y de las seis bóvedas resultantes, se desarrollan los tres ciclos litúrgicos, Navidad, Pasión y Resurrección, formando un itinerario que tiene su inicio en el muro meridional y que, siguiendo el sentido de las agujas del reloj, culmina en la puerta que le da acceso a la iglesia.
Las escenas, que según algunos autores siguen el desarrollo de la misa mozárabe, se estructuran en relación con los tres ciclos litúrgicos: El conjunto se completa con representaciones de los signos del zodíaco y de un calendario agrícola, aunque las últimas investigaciones al respecto [6] plantean la teoría de que no es un calendario propiamente, ni está dedicado a los campesinos, sino que es una metáfora sobre el paso del tiempo.