Este edificio se inició como palacio de los Reyes en el siglo XII.
Posteriormente, durante treinta años, la Capitanía General y luego Gobierno Militar hasta 1971.
[3][4] Este palacio sería hipotecado en 1198 por el rey Sancho VII al entonces obispo de Pamplona, García Ferrández, que daría lugar a numerosos pleitos posteriores y que, por ello, sería utilizado de forma conjunta por la corona y la sede episcopal.
[4] Así, cuando Teobaldo I llega a Pamplona en 1246, se encontró con el palacio ocupado por el obispo Pedro Ramírez de Piédrola, y tuvo que alojarse en los “palacios viejos”, junto a la capilla de Jesucristo, al lado del claustro catedralicio.
[9] Ambas deflagaciones causaron numerosos y considerables daños en edificaciones por toda la ciudad, incluyendo este viejo palacio que fue reparado «sin atender a criterios estéticos.»[10] José Bonaparte en su retirada hacia Francia también pernoctó en el mismo.
Esta función es la que llevó a conocerlo como Palacio de Capitanía o Gobierno Militar, denominaciones históricas que también ha tenido este edificio.En 1976, estando abandonado fue declarado Monumento Histórico Artístico de carácter provincial.
Así mismo se levantó una torre anexa de nueva planta donde está ubicado el archivo.
Probablemente el palacio fue erigido hacia 1189, aunque hay autores que adelantan esta fecha.
Parcialmente soterrado se encuentra una amplia estancia rectangular de 26,8 x 7,1 metros que corresponde a la primitiva construcción.
En el muro norte presenta seis estrechas ventanas en derrame bastante profundo con arco de medio punto.
Un incendio en 1733 del molino de la pólvora parece que tuvo una importante repercusión en el palacio.
En la cara norte y oeste, entendiendo que era imposible la restauración de sus muros muy deteriorados, se optó por protegerlos con una nueva hoja de sillería que forra la existente, muros e incluso cubiertas, aunque corrigiendo algunos huecos.
La parte restaurada y la nueva se relacionan en el patio en un encuentro con naturalidad produciendo un lugar casi sin fecha contemporáneo e "histórico".