El lugar existía ya a principios del siglo XI.

Su término municipal está atravesado de este a oeste por el río Onsella, afluente del río Aragón que nace en la sierra de Santo Domingo y forma un valle prepirenaico, una depresión erosiva intramontana,[3]​ hasta poco más abajo de Sangüesa, ya en tierras navarras.

[4]​ Tradicionalmente se ha considerado que el origen del topónimo viene marcado el sufijo -dunum que se ha considerado de origen celta (con el significado de castillo o fortaleza) y que está presente en la misma zona tanto en Navardún como en Gordún.

Sin embargo, estudios recientes apuntan a un origen más antroponímico, especialmente del prefijo, no sólo en estos dos casos, sino también en otros análogos del Alto Aragón.

[7]​ El lugar ya tuvo una ocupación entre los siglos VI y II a. C. aunque la arqueología no ha permitido a día de hoy, con exactitud determinar la misma ni su carácter étnico a pesar de constar numerosos hallazagos en la misma localidad de Navardún, en Gordués y en Gordún.

[9]​ En torno al siglo VIII o al siglo IX se debió erigir el castillo de Navardún, aunque la primera cita documental del mismo no se produce hasta 1198.

En el año 991 los reyes Sancho Garcés II y doña Urraca lo ceden al monasterio de Leire.

[11]​ En el siglo X, así pues, ya se documentan intereses y derechos eclesiásticos de Leire en Navardún.