Por otro lado, las diversas confesiones del cristianismo, tanto en su variable católica o protestante, sostienen que todos los individuos se hallan sujetos al pecado original y necesitan de la divinidad, lo cual torna inaceptable la idea del "hombre bueno por naturaleza".
La teoría del buen salvaje ha sido cuestionada[10] por numerosos antropólogos y etnógrafos contemporáneos de prestigio contrastado, como el neozelandés Derek Freeman.
En la encendida disputa intervino también la norteamericana Elisabeth Marshal Thomas[13][14] a favor del mito, siendo asimismo cuestionada[15] por la comunidad científica, tanto en sus métodos como en sus tesis.
En la obra "In War Before Civilization: the Myth of the Peaceful Savage" de 1996, el arqueólogo estadounidense Lawrence H. Keeley rechazaba también la noción del "buen salvaje" sosteniendo que -según evidencia arqueológica- la violencia guerrera para apropiarse de recursos ajenos (tierras, ganado, esclavos) ha sido una práctica bastante extendida en las primeras sociedades humanas.
También en la obra "The Culture Cult: Designer Tribalism and Other Essays" el antropólogo neozelandés Roger Sandall rechazó la idea del "buen salvaje" alegando que tal creencia toma como base a un "primitivismo romantizado" que trata de mantener a pueblos indígenas en un estilo de vida primitivo para satisfacer pretensiones políticas o comerciales.
En 2013 la polémica seguía vigente, como demuestra el revuelo[16] organizado por la publicación del libro The World Until Yesterday del escritor y biogeógrafo Jared Diamond, atacado por antropólogos y organizaciones indigenistas, a raíz de su presentación de una imagen donde tribus tradicionales, ya en el siglo XXI, resuelven conflictos enfrentándose violentamente entre sí.