Este museo es una entidad del Ministerio de las Culturas, las Artes y los Saberes.Fue construido por el arquitecto español Matías de Santiago, su obra se inició en 1619 concluyéndose en 1647.En cuanto a su ornato interno se puede decir que el templo contó con dos etapas decorativas: una primera (que abarca todo el siglo XVII y parte del XVIII) en la que se evidenciaba pintura mural en todo el templo, y una segunda, ubicada en la segunda mitad del XVIII, en la que se evidencia el enchape en madera adosado a los muros y la conformación definitiva de su conjunto pictórico, escultórico y retablístico.En el periodo colonial (siglos XVI al XVIII) las mujeres comúnmente eran entregadas por sus padres como monjas.Cuenta la historia que ella, junto con su hermana y algunas jóvenes amigas, decidió abandonar su riqueza para dedicarse a una vida de oración y pobreza, acompañando en su trasegar a un joven que predicaba la humildad y al cual luego se le conocería como San Francisco de Asís.Tras el descubrimiento y la posterior conquista del territorio americano las clarisas arriban al Nuevo Mundo como extensión femenina de los Franciscanos.En cuanto a Clara, la fundadora, fue declarada santa en el siglo XIV y su orden sirvió en ciudades como Santafé para acoger, dentro de una clausura regulada por los votos de pobreza y castidad, a las mujeres solteras o viudas que no debían mantenerse solas según la lógica colonial.Finalmente en 1973 el gobierno adquiere la iglesia con todas sus obras, comprándoles el predio a las monjas clarisas.En esos años Santa Clara fue un laboratorio para el recién creado Centro Nacional de Restauración.Estas labores terminaron en 1983, año en el cual se inauguró el Museo Santa Clara.En la última década el Museo Santa Clara se ha situado no sólo como un referente museístico relacionado con la cultura colonial, sino también como un espacio de exposición abierto al arte contemporáneo.Cabe señalar que así mismo se han llevado a cabo nuevos estudios y procesos de restauración, que abarcan la pintura mural y el púlpito del antiguo templo, reubicado en su lugar original en abril de 2014.Su arquitectura es de estilo Romano, ya que presenta arcos de medio punto, por lo que la iglesia sería del barroco español siendo característico del Barroco Desornamentado al no tener muchas decoraciones en la fachada.El lugar ya ha sido desacralizado aunque conserve estas características y definiciones.Entre el severo exterior del edificio y su piso interior hay un contraste enormemente llamativo.También con retablos en ambas paredes, pintura mural, las celosías estrelladas y una colección de cuadros al óleo, recubren los muros sin dejar un solo espacio vacío.Dos ciriales en plata labrada del siglo XVII destinados a acompañar la Cruz Alta.Es posible admirar en este espacio un pequeño recuadro en el suelo de los ladrillos originales de la iglesia, ya que el piso que se encuentra actualmente es simplemente una representación del piso original.El púlpito se encontraba adosado al lado derecho del arco toral, del lado de la epístola y estaba coronado por un tornavoz rematado con la imagen de San Buenaventura.Una escalerilla en madera decorada con pintura al temple daba acceso a la tribuna.En la parte baja del coro o sotocoro son sepultadas con frecuencia aquellas religiosas tenidas en especial estima por sus sobresalientes virtudes.
Aquí se muestra el interior, con las decoraciones del techo y el presbiterio al fondo.