Nates no termina la obra y le encarga su finalización a Juan de Naveda.En el siglo XVIII, Ventura Rodríguez edificó una nueva fachada de traza barroca.Rodeado de una enorme muralla del siglo XVI, el monasterio tiene su entrada por una puerta monumental con arco de medio punto sobre el que se sitúa una hornacina hoy vacía.Sus claustros, situados al norte de la iglesia, articulan las dependencias más importantes del monasterio.Cuenta con dos claustros: Al igual que la sacristía, se remonta a los orígenes del monasterio, no habiendo sufrido grandes transformaciones desde entonces.Tiene vanos geminados a ambos lados de la entrada, que nunca fueron cerrados, para facilitar la asistencia de todos los monjes a los capítulos que se reunían dos veces al día.La parte más antigua del monasterio, se supone que hizo de iglesia en sus comienzos.Junto al retablo del Altar Mayor, en el lado del Evangelio, se halla colocada una estatua orante que representa a la infanta-reina Sancha Raimúndez, fundadora del Monasterio, realizada en alabastro, aunque la infanta no recibió sepultura allí, sino en el Panteón de Reyes de San Isidoro de León.Contiene varios espacios para las tumbas hoy desaparecidas, así como mucha decoración dañada durante la invasión napoleónica.Otras instalaciones como el aprisco, los invernaderos, la vaquería,... complementan la formación que se imparte en este centro.
