Más tarde fue nombrado gobernador colonial en su Perú natal, en el inicio de la lucha por la independencia.
Se retiró a España, pero pronto pudo regresar al Perú donde sirvió como oficial naval en la nueva república e hizo una carrera literaria antes de su muerte en Lima.
Manuel Quimper nació en Lima, Perú, de padre francés y madre española.
Dos años más tarde fue enviado a cartografiar las islas de Juan Fernández en el Pacífico Sur y a su regreso al puerto de Valparaíso recibió reconocimiento por sus habilidades cartográficas.
En julio de 1789 se recibieron noticias del Pacífico Noroeste con la llegada del Princesa Real, un buque dedicado al comercio de pieles que había sido capturado a los británicos en el Nootka Sound por el comandante español Esteban José Martínez.
España consideraba este asentamiento una invasión de su territorio y había enviado a Martínez para ocupar el puerto al año siguiente.
Martínez llegó en 1789 con buques de guerra, se apoderó del puerto y de algunos buques, incluyendo la balandra Princess Royal, a la que cambió el nombre por Princesa Real.
El vrrey, sin embargo, quiso evitar problemas adicionales con los británicos y ordenó que devolvieran el barco.
Su propósito era fortalecer el asentamiento del Nootka Sound, realizar más levantamientos cartográficos en las aguas del estrecho de Juan de Fuca y en las islas San Juan, y devolver el Princesa Real a los británicos.
Después de varias semanas en el mar, el Princesa Real y Quimper llegaron con dificultad al Nootka Sound, y acometieron las reparaciones en el buque antes de devolverlo a los británicos.
Fue el primer europeo en avistar el monte Baker, al que llamó La Gran Montaña Carmelita.
Le entregó la nave a Vicente Llanos y Valdés, un familiar del ministro de la Marina.
Quimper ocupó este cargo hasta febrero de 1794, cuando murió Bodega y Quadra.
Ocho meses más tarde fue admitido como caballero en la Orden de Calatrava.
Fue nombrado después ministro de Hacienda en Veracruz por lo que regresó a América en una posición ministerial.
Manuel Quimper fue nombrado en 1802 ministro de Hacienda para supervisar los desembolsos imperiales en Veracruz.
El gobierno de la República del Perú lo nombró comandante naval en 1827 y más tarde capitán.