Fue conducido a la Jamaica británica donde fue tratado con mucha cortesía y más tarde se le permitió continuar su camino en la goleta Kingston junto con su secretario.
Berenguer suplió con más recursos a las tropas navales españolas, pero éstas fueron insuficientes para mejorar la situación.
Mariano, que tenía considerables seguidores, estaba tratando de restablecer el imperio mexica.
Los seguidores que habían sido detenidos fueron llevados a Guadalajara, pero la mayoría fue rápidamente liberada.
También en enero de 1801, Francisco Antonio Vázquez, oficial naval, fue denunciado por conspiración, pero esto no pudo ser probado.
Asimismo hubo intentos de movimientos por los indígenas en Nayarit, Durango, Guanajuato, Jalisco y Sonora.
Su banda fue tomada cautiva y se le sentenció a trabajar en las minas del norte de la Nueva España.
Berenguer extendió a la colonia entera el decreto de que ninguno fuera admitido en gremios o hermandades sin estar vestido decentemente.
Permitió trabajar a las mujeres consistentes con la decencia, aunque las leyes locales lo prohibieran.
En junio de 1801, España hizo la paz con Portugal y en 1802 con Gran Bretaña.