Entre las tareas que realizó destacan: Todo ello fue plasmado en su informe final dirigido al virrey Marqués de Croix en 1767.
Sin embargo, ante el ascenso del virrey Bucareli el plan para establecer las intendencias fue detenido.
Para que sus decisiones pudieran imponerse tenía comunicación secreta con el rey “por vía reservada” y únicamente ante éste se podían apelar las sentencias que emitiera la Junta.
También podía revisar pleitos entre particulares, siempre y cuando tuviera impacto en la Real Hacienda.
Hasta el momento no resulta muy clara la manera en que operó la Junta.
A lo largo de los 35 años que la Junta Superior se mantuvo operando tuvo distintos presidentes, el primero fue el superintendente subdelegado José Mangino.