[1] En abril de 1455 el tío Alfonso fue elegido papa y dos meses después Luis Juan fue nombrado legado apostólico y gobernador de Bolonia en sustitución del cardenal Basilio Besarión.Sin embargo su gobierno fue más ceremonial que efectivo, debido a la creciente autoridad política que el senado boloñés y el signore Sante Bentivoglio habían desarrollado en los últimos años.El nombramiento se mantuvo en secreto para no provocar el despecho del rey de Nápoles Alfonso V y del duque de Milán Francesco Sforza, que habían visto rechazados sus candidatos al capelo.[7][8][9] Durante su estancia en Italia se había desatado la guerra civil catalana, y en abril de 1464 Luis Juan viajó a Cataluña comisionado por Pío II para conseguir el fin de las hostilidades.[10] Los años 1467-69 los pasó en Italia durante el pontificado de Paulo II, pero alejado de Roma por el mal clima que afectaba su salud y sin un papel eclesiástico ni político relevante.
