Al llegar allí, el Papa Nicolás V, conocedor de la tragedia de Alfarrobeira y del vejamen a que fuera sometido el cuerpo del Duque de Coímbra, decidió compensar a su hijo, atribuyéndole, el 30 de abril de 1453, la administración perpetua de la archidiócesis lisboeta, que había quedado vacante por la muerte del arzobispo Luís Coutinho.

Gobernó siempre la archidiócesis desde Italia por medio de su vicario general, Luís Anes.

Entretanto, murió Nicolás V y subiendo a la silla de San Pedro el Papa Calixto III, Jaime fue creado cardenal diácono en el primer consistorio convocado por el nuevo pontífice, el 17 de septiembre de 1456, con el título de San Eustaquio (y eso, aun no teniendo todavía la edad de treinta años necesaria para la atribución del birrete cardenalicio).

En el camino entre Roma y Mantua, Jaime se detuvo en la ciudad de Florencia, donde le llegó la muerte.

Su capilla funeraria se encuentra en la basílica de San Miniato al Monte.