Más adelante, fortaleció su posición al materializar la boda del joven rey, su sobrino, Alfonso V de Portugal, con su hija, Isabel de Coímbra en 1447.

Sin embargo, durante su regencia, también tuvo enemigos poderosos, incluyendo su hermano agnado Alfonso, el primer Duque de Bragança, y el origen de la Casa de Braganza que intrigó con el joven rey, menoscabando el poder del regente Don Pedro.

Sin embargo, continuaron siendo amenazadas por Alfonso, marqués de Valença, quien intentó varias veces privar a la duquesa viuda de residencia, y solo las continuas peticiones de la reina sensibilizaron Alfonso V para interceder en su favor.

Hay dudas sobre este traslado al monasterio de Batalha, ya que hay una tumba de Isabel también en Santa Cruz.

[4]​ Felipa de Coímbra fue la única entre sus vástagos que la sobrevivió.