En la época de D. Afonso Henriques, este "scriptorium" contribuyó a la consolidación del poder real.
En ese momento, los restos de D. Afonso Henriques y D. Sancho I fueron trasladados desde sus sarcófagos originales a sus nuevas tumbas decoradas en estilo manuelino.
Estos detalles todavía se aprecian hoy tras los añadidos de épocas posteriores.
Dentro del templo, la nave única y el presbiterio están cubiertos por una bóveda manuelina de gran riqueza, obras dirigidas por Diogo Boitaca y el coimbreño Marcos Pires.
Es una de las pocas sillerías existentes del período manuelino y se debe, en primer lugar, al tallador flamenco Machim, que la instaló en el presbiterio (1513); el trabajo sería continuado por Juan Alemán (1518) y, más tarde (1531), por el escultor francés Francisco Lorete, quien la amplió y la trasladó al coro alto.
[4] La nave también contiene un hermoso púlpito renacentista, obra de Nicolás Chanterenne en 1521.
La sacristía de la iglesia es un ejemplo típico del estilo manierista, construida entre 1622 y 1624 por Pedro Nunes Tinoco.
[7] Junto a la sala capitular se encuentra el llamado "Claustro do Silencio", obra de Marcos Pires, construido entre 1517 y 1522, con abundante decoración manuelina.