La mayor parte de ellas son lenguas tonales, aunque se ha podido probar que el tono es un desarrollo reciente.
Una de las principales polémicas históricas con respecto a esta familia ha sido el estatus del haida.
Sapir sugirió en 1915 que el haida debía incluirse en la familia na-dené, pero investigaciones posteriores mantienen la controversia al respecto.
[3] Mas la hipótesis na-dené de Sapir con la inclusión del haida, tuvo gran apoyo en Dell Hymes 1956,[4] Heinz-Jürgen Pinnow desde 1958[5] y Greenberg 1987.
[6] La hipótesis Sapir tuvo el rechazo de varios especialistas, destacando en ello Michael Krauss desde 1964[7] y Levine 1979.
[8] Sin embargo, Pinnow ha continuado presentando evidencias incluso en publicaciones más recientes (2006),[9] desarrollando ampliamente las relaciones tlingit-eyak-atabascano-haida a nivel fonológico, morfofonológico, etimológico y gramatical.
En la fonología histórica hay una tendencia generalizada, observable en muchas lenguas athabascanas, a que las distinciones tonales fonémicas surjan de rasgos glotales que originalmente se encontraban al final de la sílaba.
Para enfatizar la exclusión del haida, Campbell se refiere a la familia lingüística como Athabaskan-Eyak-Tlingit en lugar de Na-Dene.
En 2010 Jeff Leer publicó amplios materiales primarios sobre lo que él denomina PAET (Proto-Athabaskan-Eyak-Tlingit).
En 1925, se publicó en Science Supplements un artículo de apoyo que resumía sus pensamientos, aunque no escrito por él, titulado «The Similarities of Chinese and Indian Languages».
[25] George Starostin continúa el trabajo de su padre en los campos yeniseo, sino-caucásico y otros.
Esta propuesta se remonta a Edward Sapir (1915), aunque actualmente muchos especialistas rechazan la inclusión del haida en las lengua na-dené.