Ruhlen estudió en las universidades de París, Illinois y Bucarest.Posteriormente trabajó varios años en Stanford como profesor ayudante del lingüista Joseph Greenberg, con el cual trabajaría conjuntamente durante 35 años, hasta el fallecimiento de Greenberg en el año 2001.Desde 1994 es profesor de antropología y biología humana en la misma universidad.Junto con Murray Gell-Mann y Serguéi Stárostin fue director del Programa de Santa Fe "Evolución de la lengua humana".Merritt Ruhlen es un precursor del uso de métodos interdisciplinares para el conocimiento de la lingüística histórica, combinando la genética humana y la arqueología, lo que le llevó a colaborar intensamente con el genetista Luigi Luca Cavalli-Sforza y el arqueólogo Colin Renfrew.
