El lago está situado a 1560 metros sobre el nivel del mar y tiene 18 km de longitud.
Estudios científicos se han realizado en el lago Atitlán desde alrededor de 1900, en sus inicios principalmente por limnólogos y geólogos extranjeros.
Sin embargo, muchas fueron investigaciones con fines muy específicos o períodos muy cortos, hasta que en 1968 Charles Weiss levantó la primera línea base limnológica.
Tiene una larga y compleja historia de formación, pues antes del lago que actualmente se ve existieron otras calderas previas.
Algunos de los ríos estudiados han sido Argueta, Barreneché, Catarata, Chicansanres, Cojolyá, Concepción, La Labor, Panasacar y Xibalbay.
Se evaluaron ocho microhábitats (hojarasca, grava, piedras, roca, musgo, vegetación acuática, pozas y cataratas).
Por otro lado, algunos taxa fueron exclusivos de ciertos microhábitats como se describe a continuación: Hojarasca: Neoplasta sp., Argia sp., Oecetis sp., y la familia Dytiscidae.
En total se registró la presencia de 18 taxa correspondientes a 15 familias, 12 órdenes y nueve clases.
De igual manera se registró por primera vez la aparición del pez cuchillo Gymnotus maculosus (Albert & Miller, 1995).
Las artes de pesca empleadas por la asociación de pescadores "Chajil Chupup" que en español significa "Guardiantes del tul" emplea el anzuelo, arpón y la nasa, siendo el arpón el arte con la que se capturan organismos más grandes.
La pesca artesanal en el municipio de San Juan La Laguna es una actividad con importancia económica y cultural, aunque es importante mencionar que es una actividad económica no exclusiva, esto quiere decir que los pescadores complementan sus ingresos, desarrollándose paralelamente a la pesca en otras actividades como la agricultura, siembra de tul, albañilería y recolección de leña, aunque en menor frecuencia que la pesca.
En el año 2008 se dio el primer florecimiento de cianobacterias reportado en la historia del lago Atitlán, y desde ese año más florecimientos han ocurrido casi anualmente sin un patrón definido, con algas de la especie Limnoraphis robusta dominando.
Muchos extranjeros permanecen largas temporadas trabajando en los negocios como hoteles, hospedajes y restaurantes, para poder costear su estadía.
Los volcanes de Atitlán, Tolimán y San Pedro pueden ascenderse, aunque no son precisamente para principiantes.
[21] Durante las primeras horas de la mañana, aunque haga frío, el agua de las orillas del Lago Atitlán se muestra cálidamente tibia, por lo que se puede observar a grupos nadando en sus orillas a pesar del supuesto frío.
Sus tranquilas aguas permiten disfrutar del kayaking en sus orillas, aunque la tranquilidad tiene un horario, pues durante la tarde, a partir de las 16:00 horas, un fenómeno llamado “Xocomil”, agita las aguas y hace que los recorridos en lancha que transportan a los turistas entre pueblos, se suspenda por seguridad.