Trans Europe Diatonique (1993) es el resultado de la colaboración con dos músicos como Riccardo Tessi y John Kirkpatrick que tras recorrer Europa dando conciertos plasman sus experiencias en este trabajo que resultó una mezcla perfecta de distintos estilos.
Kalejira Al-Buk (1994), en este trabajo Kepa camina hacia una música más cuidada, elaborada y compleja anunciando lo que será la base de su futuro musical.
Con este trabajo Kepa Junkera recoge innumerables premios con los que definitivamente se reconoce a nivel mundial la labor del músico vizcaíno.
K (2003), disco doble, grabado en directo en el Teatro Arriaga y con el que logró el Grammy Latino al Mejor Álbum Folk.
Un disco en el que 27 temas tradicionales de la cultura vasca se rodean de nombres como Estrella Morente, José Antonio Ramos, Dulce Pontes, Miguel Bosé, Ana Belén, Víctor Manuel, Sole Giménez, Miguel Ríos, Michel Camilo, Andrés Calamaro, Joaquín Díaz, Amancio Prada, Roberto Fonseca, Tito Paris, Luis Ramiro... y así hasta 42 cantantes y 15 músicos.
Compuesto por 11 cortes de temas ya conocidos del músico vizcaíno y en el que solamente escucharemos los sonidos de una trikititxa y un piano, viene a completar el proyecto Fandango que arrancó en junio del 2009 con el disco Provença Sessions.
A esta labor discográfica hay que añadirle numerosas colaboraciones llevadas a cabo con músicos tan dispares como: La Bottine Souriante, María del Mar Bonet, Justin Vali, Hedningarna, Phil Cunningham, Liam O'Flynn, Béla Fleck, José Antonio Ramos, Xosé Manuel Budiño, Alasdair Fraser, Andy Narell, La Musgaña, Glen Velez, Carlos Núñez, Voces Búlgaras, Luis Antonio Pedraza, Caetano Veloso, Marina Rossell, Andreas Vollenweider, The Chieftains, Dulce Pontes y Pat Metheny, entre otros.
También ha participado en diversas actividades culturales en favor del euskera como la Korrika, Ibilaldia, Nafarroa Oinez, Herri Urrats, Euskal Eskola Publikoa, etc.