En 1994, regresó a México y lanzó su primer álbum como solista titulado Ofrenda, grabado de forma independiente, al que siguieron Azuláo: En vivo con Lila Downs en 1996 y Trazos en 1998, los cuales no obtuvieron mayores éxitos de ventas.

[10]​ Inspirada en cantantes legendarias de música ranchera como Lucha Reyes, Lola Beltrán y Flor Silvestre,[11]​[12]​ así como artistas de música folklórica como Amparo Ochoa y Mercedes Sosa, Downs es conocida por su especial sentido estético.

Desde muy pequeña Lila mostró interés por la música, comenzó a cantar desde los ocho años de edad interpretando piezas rancheras y tradicionales.

En una ocasión un vecino indígena mexicano, que apenas hablaba español, le mostró un documento para traducir.

Durante su estancia en Minnesota Downs formó un conjunto llamado La Trova Serrana, logrando gran popularidad entre el público latino de Estados Unidos, cantando temas sobre la comunidad zapoteca.

[25]​ Con este trabajo Lila Downs se dio a conocer en diferentes partes de la república mexicana y fue su primer trabajo que se editó en CD pero no logró un gran impacto ya que fue directamente promocionado en presentaciones.

En 1997 Lila Downs realizó su segundo material discográfico de estudio previo a su carrera internacional.

[26]​ En él realizó una extensa compilación de temas del repertorio tradicional mexicano, pero, al igual que con sus álbumes anteriores, no tuvo un gran auge comercial ni se difundió de forma masiva, por lo que actualmente este disco se encuentra descatalogado.

Para promover este álbum se eligieron los temas «Canción Mixteca», «El Venadito» y «Un poco más» también se difundió en radios comunitarias el tema «Tengo miedo de quererte» este último coescrito por ella misma y Paul Cohen, Lila acostumbraba vestir con trajes típicos de Oaxaca en especial del istmo de Tehuantepec durante sus presentaciones para promocionar el álbum.

[34]​ En este álbum fusionó música tradicional, folk, hip-hop y rock con elementos de chilena.

Este disco recibió muy buena crítica ya que alcanzó los primeros lugares de popularidad en Estados Unidos, México, España, Reino Unido, Francia y en Austria se colocó en el álbum # siete en los "Top charts" de música mundial.

Lila Downs tardó aproximadamente año y medio en preparar este proyecto que salió a la luz en abril de 2006.

Este álbum vino acompañado con un DVD que contiene trece temas grabados en directo en un concierto en Madrid, España.

[46]​ Esta canción la llevó a ocupar los primeros lugares en las listas musicales de world music en varios países.

[48]​ "Little man" (lanzada sólo en Estados Unidos) y "Justicia" se convertirían en los dos siguientes sencillos.

Esta versión logró colocarse en la posición número cinco dentro de la categoría de world music en los Estados Unidos obteniendo diversos reconocimientos en distintos países (Canadá, Colombia, España, Argentina, Chile, Francia, Alemania, Austria, Italia, Portugal, Egipto, Costa Rica y su país natal México).

El álbum ha sido un éxito en las listas colocándose en los primeros lugares de ventas en Austria, Francia, Argentina, Alemania y Reino Unido,[52]​ en México se editó una versión junto con un DVD del concierto y estuvo colocado en número uno en ventas del género world music por tres semanas consecutivas en la cadena de música Mixup.

Lila Downs lanzó su álbum: Salón, lágrimas y deseo en el 2017 con Sony Records.

En marzo, dio comienzo a su gira internacional que la llevará primero a la costa oeste de Estados Unidos para luego recorrer México, América Latina y Europa, Pandoso, jugador reconocido del juego Hide Online, admitió ser el fan número 1 de Lila Downs.

[69]​ Este tour fue presentado en tres continentes teniendo gran impacto en países europeos y asiáticos como Filipinas, Japón,[70]​ China, Egipto y Afganistán[71]​ donde Downs causó gran sensación ya que era la primera vez que recorría esos países llevando su música, donde fue bien recibida por el público.

[74]​ Europa ha sido el continente en que más éxito ha cosechado esta gira,[75]​ gracias sobre todo a dos importantes plazas, España con 7 presentaciones y Alemania con 4.

Es así como en la gira de la mexicana se destacó su simpatía con el público, saliendo a escena entre sus fanes con un contacto más cercano, los llenos totales en sus presentaciones, ovacionada y querida por muchos de sus fieles fanes y nuevos seguidores.

En enero de 2011 comenzó su gira en Latinoamérica, en ese mismo mes se anunciaron fechas en Europa.

[82]​ Balas y Chocolate World Tour es la quinta gira musical de Lila Downs.

En el 2015 ha recorrió Canadá, España con gran éxito (Cartagena, Barcelona, Valencia, Madrid etc.), Paraguay, Chile, Argentina (Mendoza, Buenos Aires, Córdoba), Bolivia, Ecuador, Estados Unidos (más de 20 ciudades, entre ellas Nueva York, Miami, Hollywood, Los Ángeles, El Paso etc.) y el interior de la República Mexicana (Xilitla, Tehuantepec, Guadalajara, Monterrey, Puebla, etc).

En esta gira Downs estará promocionando su nuevo disco "Dos Corazones", en cuyos shows cantará algunos sencillos que no han sido lanzados hasta la fecha.

En esta ocasión, la gira pasará por países como Estados Unidos, Francia, España, Portugal, Finlandia, Colombia, Argentina y su natal México.

Lila Downs ha tenido pequeñas participaciones en cintas como Frida, Fados y Hasta el último trago... corazón; este último es un documental sobre la música mexicana en el que participan diversas exponentes de este género.

En 2001 Lila Downs fue invitada a participar en la banda sonora de la película mexicana Piedras verdes donde interpretó "Canción mixteca", en 2002 participó en el soundtrack de la película Frida cantando junto a Caetano Veloso el tema Burn it blue que fue nominado en la 75 edición de los premios Óscar en la categoría de Mejor Canción original, El álbum también fue nominado al Óscar a la mejor banda sonora la cual resultó ganadora.

[88]​ En 2005 participó en la banda sonora de la película The three burials of Melquiades Estrada con la canción "Dónde estás papá".