Al establecerse el Ayuntamiento Constitucional de Cuzco en 1813 fue elegido regidor decano.
Cuando el 3 de agosto de 1814 estalló la Rebelión del Cuzco encabezada por los hermanos Angulo, Moscoso integró la Junta de Gobierno local, cuyos otros miembros eran el brigadier indígena Mateo Pumacahua (presidente) y el coronel Domingo Luis Astete.
Renunció a los dos meses, pues consideraba que había incumplido con la ley al aceptar tal investidura, pero su renuncia no fue aceptada al no haber otra persona que reuniera los requisitos para asumir tan alta función.
Moscoso, no obstante, insistió en retirarse, por lo que fue hostilizado y aun apresado.
El general realista Juan Ramírez Orozco, tras ocupar el Cuzco, lo nombró alcalde provincial, el 4 de abril de 1815, y aunque inicialmente Moscoso no quiso aceptar tal función, aduciendo que tenía que dedicarse a sus asuntos particulares, se vio obligado a hacerlo ante la delicada situación que se vivía entonces.