Su abuelo, Víctor Pradera, fue un destacado político carlista navarro fundador junto a José Calvo Sotelo del Bloque Nacional.
La familia cercana de Javier se limitó a partir de ese momento a su abuela materna, su madre Carmen, su tío Juan José, quien más tarde sería el vicesecretario general del Movimiento, y sus dos hermanos, Víctor y María.
A pesar de los antecedentes familiares, Javier Pradera fue desde su juventud un activo opositor al régimen franquista, siendo militante comunista en la clandestinidad desde 1955 hasta que abandonó el PCE nueve años más tarde,[1] tras la expulsión de Fernando Claudín y Jorge Semprún.
[9] Desde que en 1987 se reintegró al diario, desarrolló su trabajo como columnista y miembro del Consejo Editorial.
Codirigió, junto al filósofo Fernando Savater, la revista Claves de Razón Práctica.