En 1973, Jáuregui se había afiliado al PSOE y a la UGT.
Abandonó su escaño en el Parlamento Vasco tras las elecciones generales de 1982, al ser nombrado delegado del Gobierno en el País Vasco por el nuevo gobierno socialista, cargo que ocupó hasta 1987.
Fue llamado a declarar por el sumario sobre los fondos reservados, más conocido como el caso GAL junto a todos los que fueron delegados del Gobierno y gobernadores civiles en Madrid, Barcelona, el País Vasco y Navarra entre 1983 y 1987, dado que este grupo terrorista de Estado actuó coincidiendo con su mandato en la delegación del Gobierno en Euskadi.
En 1985 fue elegido presidente del PSE-PSOE, con Txiki Benegas de secretario general.
El PNV consiguió 17 escaños (con el 23,65 % de los votos), 15 menos que en la anterior legislatura.
[2] A su vez, la presidencia del parlamento vasco correspondió al socialista Jesús Eguiguren.
Jáuregui fue el candidato a lendakari en 1990 por el PSE-PSOE y ya por el PSE-EE en 1994, consiguiendo en ambas ocasiones ser la segunda fuerza política.
En 2002, tras la dimisión de Nicolás Redondo Terreros, fue nombrado presidente de la comisión gestora del PSE-EE, hasta la celebración del Congreso Extraordinario en el que Patxi López fue elegido nuevo secretario general.
En 2008 revalidó su escaño como número uno de la lista presentada por el PSE-EE (PSOE) en Álava, pasando a ser nombrado secretario general del Grupo Parlamentario Socialista.