Jesús Eguiguren inició su militancia política en la Organización Comunista de España (Bandera Roja), que abandonó para afiliarse al Partido Socialista de Euskadi en el año 1977.

Jesús Eguiguren participó y fue clave en los contactos previos que el PSE-EE realizó con miembros de Batasuna iniciados en 2002, siendo entonces José María Aznar (PP) Presidente del Gobierno de España.

Este proceso se encalló y en la práctica fue roto con el atentado de la T4, realizado por ETA mientras mantenía la tregua.

En el congreso extraordinario del PSE-EE celebrado en septiembre de 2014 fue suprimido el cargo de presidente del partido que Eguiguren ocupaba desde hacía doce años.

[5]​ Es licenciado en Derecho por la Facultad de San Sebastián (UPV-EHU) y doctor cum laude por la UNED.