Interrumpidas por problemas económicos, fueron retomadas en 1587 por el arquitecto trasmerano Juan del Ribero Rada, quien le dio su definitivo carácter clasicista.Presenta una calle central y dos torres laterales, de las que sólo se levantó la izquierda.En el tercer piso se abre un gran óculo clasicista, vano practicado también en el muro frontal de la cabecera, donde recoge un tondo con la imagen del Pantocrátor, y en la sacristía vieja.Se cubre con bóvedas de cañón con lunetos en la nave con arcos fajones, los brazos del crucero, la cabecera, la antesacristía y el cuerpo central del pórtico; bóveda vaída en el cuerpo central del crucero, decorada con cuatro relieves policromados de los Evangelistas y el escudo de la iglesia; medios cañones con decoración cajeada en las capillas laterales y sin fajas en los tramos laterales del pórtico; bóveda de arista en el sotocoro; y cúpula sobre pechinas en la sacristía vieja.La tribuna izquierda —adosada al monasterio— era la utilizada por el padre Feijóo para escuchar la misa y estaba comunicada con su celda.En la calle central, la más ancha, se sitúa un arco de medio punto moldurado sobre capiteles-imposta, con una ménsula en la clave.Otra portada en arco, hoy cegado, con pilastras y entablamento jónico daba acceso desde el claustro a la vieja sacristía.Las trazas del retablo mayor, de estilo manierista, se atribuyen al monje benedictino fray Juan Andrés Ricci.En la sacristía se expone la valiosa orfebrería del templo, con piezas de los siglos XVI-XIX.
