El aspecto exterior del edificio fue completamente transformado en la época neoclásica por el arquitecto Giuseppe Piermarini como parte de las obras de reorganización del palacio ducal (hacia 1770), cuando la entrada a la iglesia se trasladó hacia el lado sur (donde todavía se encuentra hoy).El interior también sufrió importantes cambios en favor del gusto contemporáneo, visibles en las decoraciones monocromáticas, en la adopción de órdenes clásicos para las columnas y pilastras y en las paredes pintadas con marmorino en colores pastel que salieron a la luz gracias a la reciente restauración.[3] En su aspecto actual la iglesia mantiene las antiguas estructuras del siglo XIV, pero las necesidades de representación en el siglo XVIII sacrificaron la fachada y el atrio de enfrente al colocar la gran escalera del palacio contra la iglesia entre 1771 y 1775.A principios del siglo XX, bajo proyecto de Luigi Perrone y Calzecchi Onesti, se eliminó la intervención neoclásica lateral, se recuperó el ladrillo y se volvió a montar el portal original y el óculo superior, todavía apoyados en la escalera pero sin la decoración de barro.Una campana sonaba a primera hora de la noche, mientras que al atardecer había veinticuatro toques (el funcionamiento del reloj está descrito detalladamente por Fra' Galvano Fiamma, cronista de la época).Cerca del muro central se encuentra el altar mayor de mármol policromado, originalmente coronado por el cuadro de Giovan Battista Crespi San Carlo Borromeo in Gloria.
