En 1477, participó con su carabela Santa María Magdalena en una nueva flota militar con destino a Guinea.
En 1491 se concedió a Iñigo de Artieta un permiso para construir una carraca, para lo cual sus Majestades despacharon una carta por la que se instaba al Corregidor a que no se le cobrase ningún impuesto ni sufriese ningún daño por la construcción de la mencionada carraca en Laida.
Los reyes venían otorgando privilegios a los armadores que construyeran naves cada vez más grandes.
Entre las mercancías que transportaban se encontraban comestibles, como sardina, atún, trigo y sal.
Durante estos viajes por el Mediterráneo se dedicó también al corso e hizo varios apresamientos de naves.
Como consecuencia del Descubrimiento de América, empeoraron las relaciones entre España y Portugal.
Ante una posible acción hostil del monarca Juan II de Portugal, los Reyes Católicos encargaron que se organizase una armada oceánica, cuya misión principal era proteger la navegación castellana, tanto en el Estrecho como en las costas atlánticas, así como frenar a los navíos portugueses en la pugna que por el control de la ruta al nuevo continente descubierto mantenían las coronas española y portuguesa.
Eduardo Aznar Vallejo, en su obra Marinos vascos en la guerra naval de Andalucía durante el siglo XV, escribe que Iñigo de Artieta llevaba con él a su hijo embarcado en esta armada.