Fue construida en la segunda mitad del siglo XV en estilo gótico tardío vasco, reemplazando un edificio más antiguo.

A la iglesia medieval se le añadieron elementos importantes, como la torre y la girola, en siglos posteriores.

La siguiente gran intervención tuvo lugar en el siglo XVIII, en 1734, cuando se levantó la torre-campanario en estilo barroco.

Por último, entre 1881 y 1884 se acometió una reforma integral, costeada por Pascual Abaroa, que dio a la iglesia su aspecto definitivo.

A estos años se remontan la girola, incorporada por el arquitecto Casto de Zavala, la sacristía y el pórtico adosado al lado norte, de cara al mar.

Las adiciones se realizaron en un estilo neogótico acorde con el viejo aparejo gótico, dando como resultado un conjunto armonioso.

Todo esto pone en peligro las iglesias antiguas y las obras de arte que custodian.

El espíritu que se recoge en dichos libros es un gran empeño en mantener la dignidad del templo.

El registro superior viene determinado fundamentalmente por un gran vano ojival de complicada tracería gótica flamígera.

Una rica iconografía religiosa, moralizante y simbólica se distribuye en friso, pilastras e impostas.

Adosado a la nave del Evangelio o norte, se trata de una obra neogótica realizada entre 1881-1883.

Los contrafuertes adosados al ábside están rematados por pináculos también, pero menos estilizados y de menor volumen.

Se trata de un diseño arcaizante característico del siglo XIV, muy empleado, con pequeñas variaciones, en el gótico vasco.

Tres vanos apuntados con su tracería trigeminada a base de círculos cuadrifoliados se abren en el ábside.

Descansa en arcos rebajados que apean en pilastras adosadas a las columnas de la fábrica.

También un pedal en cuchara que abriría la caja expresiva del Récit o II teclado.

El 14 de junio de 1854 Cavaillé-coll envía otra carta a Uribarren informándole sobre los añadidos pedidos por Juan José Santesteban y que no se le notificaron por este último a él.

El 7 de septiembre de 1854, Cavaillé-Coll envía otra carta dirigida a Uribarren notificándole que Jean-Bernard Thiemann y Charles Carloni serán enviados para instalar el órgano en Lequeitio.

En esa iglesia existía un orchestrium de Merklin Schütze & Cie que hoy en día también se encuentra en la basílica.

Su obra más importante por Lequeitio entre otras muchas fue la restauración y ampliación de la basílica parroquial.

Iñigo Arteita o Artieta, marino, comerciante, militar y eventualmente corsario, prestó servicios a la Corona Castellana.

El culto fue trasladado aquí en 1884 desde una capilla de esta advocación que ocupaba la actual antesacristía.

En 1731 fue trasladado a la Capilla Bautismal, donde se mantuvo hasta finales del siglo XVIII.

Frente al altar, pegado a la pared del ábside, el mausoleo de Pascual Abaroa, esbelto arcosolio neogótico realizado en el cincuentenario de su fallecimiento (1934), con inscripciones en latín y euskera.

La devoción por este santo tiene relación con la Cofradía de Mareantes, institución vital en esta villa marinera y constituida a mediados del siglo XV.

Presenta este un diseño similar al del Retablo de Nuestra Señora de la Antigua, aunque difiere en detalles que fueron plasmados en escritura el 5 de septiembre de 1689 como, "según y en la forma que ... menos el sagrario ... poniendo una caxita para los relicarios y encajando el Apotolado del altar viejo ... hazer quatro nichos ... Santos ... Cofradía havia conseguido licencia ... en el ynbierno yr a la pesca del vesugo en los días festivos y domingos".

En 1787, fabrican nuevo altar para San Antonio de Padua que posteriormente será trasladado (a donde esta hoy) en la girola.

Comunica con la de Vera Cruz a la que se asemeja en embocadura y bóveda.

En ferreria policromada, es obra rococó salida del taller de Paul Laplace (Bayona) (1760).

Escribe J.R.Iturriza: «La sonora trompeta del Evangelio y Apóstol San Vicente Ferrer, hallándose en Lequeitio, introdujo la costumbre laudable de la Corona (o Rosario) en presencia de dicha santa Imagen "la Antigua" ; desde cuyo tiempo se reza todas las tardes...., acudiendo a su amparo en varias necesidades con rogativas, misas y letanías....».