Para constituir una Gran Logia como poder masónico autónomo, la tradición y reglamentos usualmente compartidos en diversas naciones exigen que deban existir, a lo menos, tres logias formalmente constituidas en el territorio.

No obstante esta poderosa influencia religiosa, Juan de Dios Arlegui, sin enemistarse con sus familiares y maestros, supo descubrir su destino que lo llevaría a liderar un movimiento intelectual de inspiración racionalista, muy progresista para su época.

Luego del seminario Conciliar pasó a estudiar en el Instituto Nacional, bajo el rectorado de don Antonio Varas De la Barra, donde recibió lecciones del sociólogo, político y educador José Victorino Lastarria Santander.

A estos nuevos talleres fueron ingresando destacadas personalidades de la época tales como: Eduardo De la Barra, Guillermo y Manuel Antonio Matta Goyenechea, Miguel Santamaría, Juan Agustín Palazuelos Ramírez, Pedro León Gallo Goyenechea, Juan Nepomuceno Espejo Bravo, Diego Barros Arana, Ramón Allende Padín, Alejo Palma Guzmán, Francisco Gandarillas Luco, José Francisco Vergara Echevers, Enrique Mac-Iver Rodríguez, Germán Tenderini y Vacca, Aníbal Pinto Garmendia, Andrés y Jacinto Chacón, Juan Williams Rebolledo, Justo y Juan Domingo Arteaga Alenparte, Marcial Gatica, José Tomás Urmeneta, Juan Enrique Lagarrigue,Manuel Carrera Pinto, Emilio Orrego Luco, Francisco Santa Cruz y tantos otros no menos inquietos de las más variadas edades y profesiones.

En un comienzo, la Gran Logia de Chile regía tanto la masonería simbólica como la filosófica.

A finales del siglo XIX, Eduardo De la Barra estableció, mediante cartas patentes concedidas en Argentina, un Supremo Consejo del grado 33 para administrar los grados filosóficos, mientras que la Gran Logia ejercía la jurisdicción en los talleres simbólicos.

La sede de la Gran Logia de Chile estuvo en Valparaíso desde su fundación hasta 1906,cuando se produjo el devastador terremoto que averió muy severamente la casa masónica, tras lo cual se trasladó a Santiago.

En la capital se instaló en pleno centro, en la desaparecida galería San Carlos, donde trabajaron logias como: Deber y Constancia N.º 7, Aurora de Italia N.º 24, Verdad N.º 10, Franklin N.º 27 y la porteña Unión Fraternal N.º 1, que por esos años se estaba trasladando.